بررسی تنوع گونه­ای ماهیان در مطالعات اکوسیستم­های آبی از اهمیت ویژه­ای برخوردار است. هدف از این پژوهش بررسی فراوانی و تغییرات شاخص­های تنوع، غنا و یکنواختی گونه­ای جامعه ماهیان رودخانه گرگر در دو فصل تابستان و پائیز 1393 در محدوده جغرافیایی شوشتر می­باشد. در این بررسی جمعاً 138 قطعه ماهی (52 قطعه در فصل تابستان و 86 قطعه در فصل پائیز) از 4 ایستگاه با الکترو شوکر صید و نمونه­برداری شده و به آزمایشگاه منتقل و به روش زیست­سنجی توسط کلیدهای شناسایی معتبر شناسایی شدند. بر اساس نتایج حاصل در این رودخانه 11 گونه ماهی متعلق به سه خانواده کپور ماهیان (Cyprinida)، کفال ماهیان(Mugilidae) و گربه‌ماهیان (Siluridae) حضور داشتند. بیشترین فراوانی گونه­ای در فصل تابستان نازک (Chondrostoma regium) با فراوانی 6 قطعه در ایستگاه 4 و در فصل پاییز بوتک دهان ­کوچک (Cyprinion kai) با 11 قطعه در ایستگاه 4 بود. بیشترین میزان شاخص تنوع گونه‌ای شانون- ونیر در فصل تابستان (85/1) مربوط به ایستگاه 4 و بیشترین میزان این شاخص در فصل پاییز (011/2) مربوط به ایستگاه 1 بود که می­تواند نشان‌دهنده شرایط متعادل در محیط باشد. بیشترین میزان شاخص غنای گونه­ای مارگالف (26/2) مربوط به ایستگاه 4 در تابستان و بیشترین میزان این شاخص (004/3) مربوط به ایستگاه 1 در پاییز بود. بیشترین میزان یکنواختی گونه­ای سیمپسون در تابستان (98/0) مربوط به ایستگاه 2 و بیشترین میزان آن در پاییز (865/0) مربوط به ایستگاه 3 بود. بر اساس آزمون آنالیز واریانس یک‌طرفه هیچ اختلافی معنی­داری بین شاخص­های تنوع زیستی در دو فصل تابستان و پائیز وجود نداشت (05/0p>) که این امر نشان‌دهنده شرایط یکسان در ایستگاه­های موردمطالعه می­باشد.