هدف از این مطالعه، بررسی برخی شاخص‌های میکروبی و فیزیکوشیمیایی آب رودخانه‌های مرتبط به تالاب انزلی و مقایسه آن با استانداردهای بین‌المللی است نمونه‌برداری‌ها در فصول تابستان و پاییز سال 1390 و به‌طور ماهیانه انجام پذیرفت. برای جداسازی میکروارگانیسم‌های هتروتروف از محیط‌های پلبت کانت آگار، انتروکوکها از محیط KF و برای کلی فرم‌ها و اشرشیاکلی از ECC کروم آگار ومک کانگی آگار استفاده گردید و پس از 48 تا 72 ساعت در انکوباتور با دمای 30 درجه سانتی‌گراد شناسایی و شمارش گردیدند؛ و فاکتورهای فیزیکوشیمیایی آب نیز بررسی گردید. بیشترین میزان میانگین تغییرات لگاریتمی در کل باکتری‌ها (cfu/ml 07/7)، توتال کلی فرمی (cfu/ml 537/6)، کلی فرم مدفوعی (cfu/ml 96/4) و استرپتوکوک مدفوعی (cfu/ml 649/3) در ایستگاه شماره 6 (رودخانه پیربازار) در فصل تابستان بوده است (P<0.05). در اﻳﻦ ﺗﺤﻘﻴﻖ، میزان NO₂ میلی گرم بر لیتر در آب ایستگاه‌ها بیشتر از حد مجاز استاندارد EPA بوده است اما NO3 و NH₄ و PO₄ میلی گرم برلیتر در محدوده مجاز بود. میزان باکتری‌های کلی فرمی و کلی فرم‌های مدفوعی و انتروکوک در بسیاری از ایستگاه‌ها بسیار بالا و بیشتر از حد مجاز استاندارد بود. بالا رفتن دمای محیط، رشد جمعیت شهری در نزدیک تالاب‌ها و ورود فاضلاب‌ها از دلایل اصلی افزایش بار آلودگی در تالاب انزلی است.